1.财务报告不能即时生成，必须记账后才能生成数据反映相对滞后
2.采用中间件运行速度较慢，每进一个模块都显示“正在验证信息，请稍候。。”
3.没有严格的财务核算的流程，没有提供企业一套良好的财务核算的方案，处于松散的阶段，手工及半手工的操作，各个模块关联不强，容易引起疏忽，在对账中加入工作量。
4.系统 应收、应付单据录入后，可以不产生凭证，总账中可以录入应收、应付的凭证，导致流程及规范无法全局掌握，期末处理不能保证数据是否重复录入。
5.通过T型账务，手工进行现金流量的分拆，增加工作量。同时数据不够严谨，可以与发生业务的数据不一致
6.提供松散的单据录入。没有关于资金流向进行分类，只是单据的记录而已。
7.金蝶K3系统没有凭证作废功能。可怕的是凭证一旦误删就不能恢复，删除后凭证号间断，不能自动重排序号。千里马尚有偶失前蹄的时候，哪个财务会计人员能保证在繁忙的工作中不出一点失误？！
8.无法适用服装行业
9.存货核算设置核算方式是数量核算方式，还是数量金额核算方式在账套属性中设置非常可笑，实际业务中企业中存在并存的不同类型的仓库，有数量核算和金额同时存在。此类暴露原先软件设计不足，属于差强人意。
10.当核算方式设置为数量核算方式时，需要设置用于控制结账的子系统。（在数量金额核算方式下，系统默认以工业核算管理系统为结账控制的子系统，即只能在工业核算管理系统中进行结账，其他子系统不能结账。混淆企业的业务管理和财务管理，明显K/3的前身为财务软件，在设计时没有业务特性的考虑